José Mendonça, aos cinco anos de idade, teve, em casa, como professores particulares, os celebrados mestres uberabenses Joaquim Dias Soares e Fernando Vaz de Melo. Depois, por alguns meses, frequentou a escola do professor Joaquim Flávio de Lima, na Praça Comendador Quintino, em Uberaba (MG). Em seguida, esteve, cerca de um ano, no Grupo Escolar Brasil, tendo como professora D. Adília. Concluiu o curso primário na Escola de D. Maria Áurea de Faria (conhecida por D. Mariquinha do João Mateus, seu pai, funcionário dos Correios), mestra querida, da qual sempre recordou com amor e saudade.

Em 1913, passou para o Ginásio Diocesano, onde esteve até 1919. No tão amado colégio, foi recebido pelo querido Irmão José Borges, que foi seu padrinho de Crisma, e pelo caríssimo Frei Martinho Benett, seu bom e afetuoso amigo.

Teve como professor no Ginásio, entre tantos outros, o Irmão Mário Wilberto, matemático ilustre, que chegou a ter um curso de Agrimensura, no Ginásio, que lhe dedicava verdadeira e sincera amizade e do qual guardou particular e carinhosa lembrança.

Naquele tempo, o curso secundário se fazia por exames parcelados, finais, quatro no máximo por ano, prestados em colégios oficiais ou perante bancas completamente desconhecidas, destacadas para os diversos colégios. Em 1919, fez no Ginásio do Estado os quatro primeiros exames finais. Teve como professores particulares, em Uberaba, o grande jornalista e ínclito educador Atanásio Saltão e, em Ribeirão Preto, o professor Sampaio, afamado lente de português.

Em 1920 e 1921, estudou em São Paulo, no Ginásio Osvaldo Cruz, morando em casa dos seus queridos tios Pretextato Marques da Silva e Ambrosina Venina da Silva) a quem quis como segunda mãe), pais do dominicano Frei Henrique.

Fez, com distinção, os outros oito exames finais, no Ginásio do Estado de São Paulo.

Em 1922, matriculou-se na Faculdade de Direito da Universidade do Rio de Janeiro, concluindo o curso em 1926, com distinção em todas as cadeiras. Foi sócio fundador da Academia de Letras da Faculdade e foi sempre, juntamente com Luís Gallotti, representante da turma no Diretório Acadêmico. O professor Cândido Mendes de Almeida, seu grande amigo, deu-lhe o cargo de secretário do Patronato dos Egressos de Prisões do Distrito Federal, do qual era presidente.

Teve grandes professores na velha e querida Faculdade, como Joaquim Abílio Borges, Manoel Cícero Peregrino da Silva, Aureliano Leal, Euzébio de Queiroz Lima, Raul Pederneiras, Irineu Machado, Carlos Porto Carreiro, Esmeraldino Bandeira, Virgílio de Sá Pereira, Cândido de Oliveira Filhos, Cândido Mendes de Almeida, Eugênio de Barros Falcão de Lacerda, Carlos S. Rodrigo Otávio, Afrânio Peixoto, Juliano Moreira e Francisco Figueira de Melo.

Sua turma era de sessenta rapazes, gente que gostava de estudar com afinco. Entre seus colegas, podemos citar o ministro Luís Gallotti (que, em seu discurso de posse como Ministro do Supremo Tribunal Federal, afirmou que aquele cargo deveria ser ocupado por um dos mais ilustres advogados do Brasil - José Mendonça), João Lira Filho, Ari Barroso, Sérgio Darcy, Gastão Soares de Moura Filho, Plínio Pinheiro Guimarães, Antônio Carlos de Castro e Silva, Jaime Leonel, Durval Passos de Melo, Raimundo Nonato da Costa Cruz, João Vieira de Moraes, Prudente de Moraes Neto, Lídio Aureliano Bandeira de Melo, João Martins de Oliveira, Francisco Floriano de Paula, Nelson Pereira Revel, Hermeto e Amilcar Perlingueiro, Mário do Nascimento Barbosa e Mário de Moura Filho, homens que ocuparam os mais destacados cargos na magistratura, na política, na advocacia, no magistério, nas letras e nas artes.

José Mendonça desejava ficar no Rio de Janeiro e ali fazer sua carreira, mas a morte de seu pai (dois meses após sua formatura) o fez voltar para o interior, para junto da família.